Je vais devoir acheter des noms de domaines en .fr ainsi que prendre un hébergeur pour une société...  
ma question est :  
 
est-ce qu'il faut les prendre à mon nom... (sachant que je leur facture avec une legere marge (c'est normal quoi !))  
 
ou bien il faut les prendre à leur nom... (et là je m'assois sur la marge...) parcequ'au final le site ne m'appartient pas !  
 
j'ai jamais acheté de .fr .. Je sais que c plus compliqué que les .com alors c pour ça que je pose ces questions...

Le .fr est toujours au nom de la société à laquelle il appartient. C'est beaucoup plus réglementé que les .com.
Maintenant, rien ne t'empêche de modifier ton système de facturation pour leur facturer un supplément en tant que "prestation" pour l'enregistrement de leur domaine.

oui mais la facture de l'hebergeur.. elle sera à quel nom ??

Le plus correct, c'est de mettre le domaine à leur nom (ils en possèdent le trade mais doivent aussi assumer les conséquences si un tiers réclame, p.e. pour squatting). Idem pour le hosting (ils assument aussi les conséquences de leur contenu!)
 
Rien ne t'empêche de facturer ta prestation pour l'enregistrement et l'ouverture du site, ainsi que les prestations connexes.
 
Le plus transparent est de facturer ton temps au taux horaire, ou pour un prix fixe.