J'aimerais savoir lequel il faut prendre. Quels sont les différences entre les deux et qu'est ce que ça va changer pour les perfs?

NTFS c est surtout pour la securite pas pour les perf qu on le prend. rappel: seul le os NT de crosoft peuvent voir 1 telle partition. donc si tu utilises aussi 1os win 9X ou ME, ils ne pourront pas voir/acceder a cette partition

Parce que en fait je veux faire un muti boot avec xp et 98se. Et on m'a dit que ca allait plus vite en ntfs sur les gros disques dur de plus de 40GO. Tu en penes quoi?

passe en nfts c'est 10 à 15 % plus rapide  
la connection internet s'en ressent  
j'ai installé win xp sous ces deux formats et visuellement nfts est plus rapide  
l'inconvénient c'est que ce format est incompatible avec win 98  
une partition nfts est invisible avec win 98 sous fat 32

soit pas malade !!!
si tu fais du multiboot, fous tout en fat32, c'est un peu plus lent, c'est sur, mais au moins tu voies ta partition depuis une disquette dos, ton w98 etc.
sinon ça devient TROP galere pour aller chercher un fichier quand tu es sur ta mauvais partition

oui et en cas de panne de ton os,tu es ds une sacree merde pour t'en sortir.

résumé:
 
NTFS: Visible et utilisable seulement par les NT (Windows NT, 2000 et XP)
 
Fat32: Visible et utilisable par tous (DOS, Win95, 98, NT (je crois que oui), 2000, XP, et bien d'autres...)

C: win98se fat32
D: win2k NTFS (ou inverse avec XP)
E: XP fat32
 
win98 ne peut voir les partitions ntfs. Il est possible de transforme apres coups du fat en NTFS (tres facilement) mais pas l inverse.

NTFS
ultra sécurisé notamment pour les droits d'acces
FAT 32:ne gere pas les fichiers de plus de 4 go en tout cas chez moi donc chiant pour les video
sinon les clusters n'ont pas la meme taille je crois
donc je te conseille FAT 32 si tu joues
ou sinon pour bosser NTFS
ce n'est k'un conseil et non une regle