J'ai une rayure un peu profonde (pas hyper profond mais quand on passe le doigt dessus on la sent)
Est ce que ca aura une influence sur le refroidissement ou la pate thermique compensera et les effets nefastes seront negligeables ?

La pate thermique compensera à mon avis, mais tu aura quand même des petites pertes de refroidissement.
En effet, tu pourra remarquer sur différents forums, le fait de polir les rads, tu gagne en refroidissement (quelques petits °).
Donc si je suis ce raisonnement, le fait d'avoir un rad pas super poli d'origine et en plus une bonne rayure, ça refroidira un peu moins bien.
 
J'ai une fais une légère rayure sur mon rad ZALMAN vf700 cu de ma carte graphique, mais ça refroidit quand même super bien.
J'ai pas fais de test avant après, car j'ai fais la rayure tout de suite quand je l'ai installé.
 
Mais pour répondre à ta question je pense que c'est négligable