PHP traducteur de séquences d'ADN

PHP traducteur de séquences d'ADN - PHP - Programmation

Marsh Posté le 26-03-2007 à 16:34:45    

slt tout le monde!
je me demande comment faire pour définir un format fasta dans un script PHP?
le prof m'as dis d'utiliser explode implode...mais j'ai pas bien compris comment faire?!!
si quelqu'un a déjà fais ce genre e problème et a la solution, j'en serai ravi. et merci d'avance

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Marsh Posté le 26-03-2007 à 16:34:45   

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Marsh Posté le 26-03-2007 à 17:01:28    

Pour le découpage, vu qu'il n'y a pas de séparateur et que chaque info est codée sur 1 caractère -> http://fr.php.net/manual/fr/function.str-split.php
Ensuite, suffit d'avoir dans un tableau associatif la table de décodage du style :  
array('A' => 'Adenosine', 'C' => 'Cytidine'...);
http://en.wikipedia.org/wiki/Fasta_format
 
Et à la fin, un petit coup de implode(). Y'a rien de compliqué ;)

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Marsh Posté le 27-03-2007 à 14:16:21    

en fait le script reconnait pas la foction str_spilt. merci comme même.

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Marsh Posté le 27-03-2007 à 14:29:52    

STR_SPLIT.
merci QUAND même.

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Marsh Posté le 27-03-2007 à 14:30:48    

Effectivement, j'avais pas fait gaffe que c'était à partir de php5. si t'as la possibilité, passes en php5. Si t'es sous windows, y'a Wamp 1.6, et sous Linux, t'as Xamp...
Sinon, bah faut recoder cette fonction avec une boucle for et substr()
 
Autre solution si ta séquence est de la forme "une lettre = un nom de molécule" : str_replace()

Code :
  1. str_replace(
  2.                 array('A', 'C', ...),
  3.                 array('Adenosine', 'Cytidine', ...),
  4.                 $strSeqADN
  5.               );

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Marsh Posté le 27-03-2007 à 14:48:09    

Ahh ok pour str_split, j'avais cru à la faute d'orthographe!!!
une chaine de caractère est un pseudo-tableau en php tu peux boucler directement dessus.

Code :
  1. $a = 'tototot bolino';
  2. for ($i=0; $i<strlen($a);$i++){
  3.   print $a[$i].'-';
  4. }


sinon rien ne t'empêches de faire un preg_split("//", $tastring), fonctionnant sous php4, equivalent au str_split.

 


Message édité par anapajari le 27-03-2007 à 14:48:39
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Marsh Posté le 28-03-2007 à 11:57:11    

merci bcp pour vos reponses!

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