J'ai exactement le meme probleme que toi... Le plus etrange est que cela survient de maniere plutot aleatoire ! Je peux etre tranquille pendant quelques jours et subitement lors d'une partie il n'y a plus moyen de jouer : le jeu se reduit, retour au bureau et il m'est parfois impossible de revenir au jeu avant plusieurs tentatives. Meme probleme avec notamment firefox, les fenetres perdent le focus.
Je n'ai rien trouve de similaire sur le web hormis ce topic qui n'a malheureusement pas eu de reponse constructive.    
 
Pour les lobotomises de la propagande anti-P2P, je n'utilise pas eMule (ou autre). Ni meme un des logiciels cites par l'auteur du topic.
 
J'avais ce probleme sur ma precedente configuration et malgre un formatage le probleme est reapparu quelques temps apres...    
 
Une idee serait la bienvenue !  

c'est pas un problème de ton clavier genre un alt tab chunté

non j'ai pense au probleme mais ca n'est pas le cas...   (alt tab basculerait sur un autre element)
 
La fenetre (ou application fenetree, genre calculatrice) perd le focus mais reste affichee... C'est tres contraignant lorsque l'on saisi du texte ou que l'on procede a une suite d'operations sur la calculette : il faut tout reprendre !  
 
Par contre en general cela ne dure que quelques heures tout au plus. Les choses redeviennent normales sans meme avoir a rebooter.
 
J'ai oublie de preciser que j'utilise un antivirus et un antispyware mis a jour regulierement.

J'ai du mal a croire d'etre le seul concerne...
Toujours les memes soucis, y compris apres une installation recente du systeme !
J'ai enfin localise le probleme : des cookies !!!  
Je n'aurai pas cru ces bribes de fichiers pouvoir interagir autant avec la machine et pertuber l'ensemble de la sorte.
Spybot repere donc ces intrus :
Advertising.com
Avenue A, Inc.
Commission Junction
TargetNet
ValueClick
 
Le probleme reside surtout dans le fait que meme avec le blocage de ceux-ci sous Firefox et la vaccination de Spybot, ces saletes reviennent au bout de 48h maximun.  
J'attends vos suggestions... ainsi que la maniere de savoir qui propage ce genre de saletes !